Приблизительно во второй половине III века на вершине Баклы было основано укрепленное поселение. В V — первой половине VI вв. здесь была сооружена первая линия его обороны, усиленная в VIII—IX столетиях. Стены защищали наиболее уязвимый южный пологий склон. В конце III — начале IV веков укрепление составляло единое целое с остальным поселком, с южной стороны которого размещались хозяйственные постройки винодельного комплекса. В VI в. на месте винодельного комплекса построили замок. Его оборонительные сооружения были сложены из крупных блоков известняка на известковом растворе. Боевые пещеры находились под западным участком цитадели в двадцатиметровом обрыве. В некоторые из них вели люки, в другие — высеченные в скале лестницы. Здесь несли дозор и вели фланговый обстрел наступающего неприятеля лучники и пращники. Помещения хозяйственого и оборонительного назначения вырубались в мергелях и известняках мелового карниза куэсты. Замок был защищен рвом. Примыкаюшее к замку слобода и сельское поселение было не защищено стенами, что было характерно для феодальных комплексов средневековья. На месте сельского поселения часто находят обломки больших глиняных пифосов; в восточной части обнаружены остатки гончарной печи.

Сейчас на территории Баклы можно увидеть следы тесно стоящих двухэтажных домов и узеньких улиц, небольшого храма IX в., встроенного в комплекс жилых помещений, высеченные в скалах могилы, зерновые ямы, остатки виноградных давилен, кладок стен, остатки крепостной стены и башни, желоба для сбора воды, ступени, пещерную церковь, около 100 искусственных пещер, вырубленных в известняках и располагающихся в два яруса. Пещеры были хозяйственого и оборонительного назначения, население же жило в наземных постройках, которые не сохранились.

На западной окраине Баклы сохранились остатки большой церкви и четырехугольных склепов, высеченных в скале. Это вероятно монастырь. В скалах вырублены полукруглые кельи с низкими коридорами, в стенах которых выдолблены ниши для светильников и лампад. Тут же находится грот с настенными рисунками: фигуры святых мучеников, кресты, силуэты храма, кораблей и рыб. Над этим церковным комплексом в выступе скалы находится очень небольшая пещерная церковь.

Недалеко от церкви, вниз по течению речушки Куба в 1970 году открыт некрополь V—IX веков. В результате раскопок исследовано свыше 800 погребальных сооружений, в основном склепов, в которых хоронили с IV по XI век н. э. В Бахчисарайском музее представлены вещи из захоронений: византийские поясная пряжка и браслет, две фибулы(скреплявшиеся на груди цепочкой), кольца, кресты, посуда из керамики и стекла.

В долине напротив Баклы открыты остатки трех храмов. Самый ранний возведен в VIII—IX веках. В X—XI вв. был сооружен крестообразный в сечении храм, от которого сохранились обломки арочного портала и фрагменты фриза византийского стиля. В XII-XIII вв. на месте храма был возведен другой, более простой.

Городище погибло под ударами войска золотоордынского беклярбека Ногая в 1299 году.